Cấp độ đội tuyển trẻ, anh chơi cho đội tuyển Ý ở vòng loại giải U16 châu Âu vào năm 2001.Anh vô địch giải U19 châu Âu vào năm 2003 cùng đội tuyển Ý và ghi 1 bàn. Anh sau đó được gọi lên tuyển U21 và tham dự vòng loại giải U21 châu Âu nhưng không được thi đấu ở vòng chung kết do bị chấn thương.[16]

Aquilani có trận ra mắt trong màu áo đội tuyển Ý vào ngày 15 tháng 11 năm 2006 trong trận giao hữu gặp Thổ Nhĩ Kỳ[17]. Anh có được vị trí chính thức ở giải U21 thế giới tổ chức ở Hà Lan vào năm 2007, ghi 2 bàn và có tên trong đội hình tiêu biểu của giải đấu. Ý về đích ở vị trí thứ năm của giải.

Anh có mặt cùng đội tuyển Ý ở Euro 2008, giải đấu ở cấp độ đội tuyển quốc gia đầu tiên của anh.Anh vào sân từ ghế dự bị trong trận đấu thứ ba của Ý ở giải, trận thắng 2-0 trước kình địch Pháp. Anh ra sân từ đầu trong trận tứ kết của Ý gặp Tây Ban Nha để thay thế cho Andrea Pirlo và Gennaro Gattuso bị treo giò. Trận này Ý thua 4-2 ở loạt đá luân lưu sau 120 phút hoà 0-0[18].

Anh có bàn thắng đầu tiên cho Azzurri ở vòng loại World Cup 2010 trong trận tiếp Serbia và Montenegro vào ngày 15 tháng 10]] năm 2008 với một cú đúp[19]. Tuy nhiên, anh đã không được huấn luyện viên Marcelo Lippi triệu tập vào đội hình đội tuyển Ý tham dự World Cup 2010 tại Nam Phi.